財政部臺北國稅局表示，扣繳義務人未依所得稅法第88條規定扣取稅款，在未經檢舉及稽徵機關進行調查前自動補扣繳稅款，仍屬未依規定期限申報扣繳憑單，應依所得稅法第114條第2款規定處罰。
該局指出，財政部77年12月19日台財稅第770392683號函規定，扣繳義務人未依規定扣取稅款，於未經檢舉及稽徵機關進行調查前，自動補扣並加計利息一併繳納，固可免受未依規定扣繳之處罰；惟其未依所得稅法第92條規定期限申報扣繳憑單或逾限始自動補報，仍應依同法第114條第2款規定處罰。
該局舉例，扣繳義務人100年度給付租金，未依規定扣取稅款，嗣於101年間自動按扣繳率10%扣取稅款，並申報扣繳憑單，因扣繳義務人未依限填報扣繳憑單行為之處罰，並不適用稅捐稽徵法第48條之1免罰規定，扣繳義務人雖已自動補繳及補報扣繳憑單，依所得稅法第114條第2款規定，仍應按扣繳稅額處10%罰鍰。
該局呼籲，扣繳義務人給付各類所得應依所得稅法第88條規定扣取稅款及同法第92條規定繳納稅款並申報扣繳暨免扣繳憑單，以免受罰。
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