財政部表示，營利事業已依所得稅法規定辦理所得稅結算申報，並申報減除依法律規定之投資抵減稅額，但未依所得基本稅額條例規定計算、申報基本所得額及基本稅額，經稽徵機關調查發現有應補徵之基本稅額，始申請更正調減當年度已申報抵減之投資抵減稅額者，應否准更正；並就應補徵之基本稅額，應依同條例第15條第2項規定處罰。
財政部說明，依所得基本稅額條例第2條規定：「所得基本稅額之計算、申報、繳納及核定，依本條例之規定」；同條例第3條第1項第7款規定，營利事業除屬所得稅結算或決算申報未適用法律規定之投資抵減獎勵，且無第7條第1項各款規定所得額者外，應依該條例規定繳納所得稅。因此，營利事業依所得稅法規定辦理所得稅結算或決算申報，其已申報適用依法律規定之投資抵減稅額者，縱然沒有所得基本稅額條例第7條第1項各款規定之免稅所得，但有同條項所稱依所得稅法規定計算之課稅所得額者，仍應依該條例規定計算一般所得稅額及基本稅額，基本稅額大於一般所得稅額者，該差額即屬營利事業結算申報應自行繳納之基本稅額。營利事業如僅辦理所得稅結算申報，而未依上開規定申報及繳納基本稅額，即已構成該條例第15條第2項規定之違章情事。
該部舉例說明，假設甲公司98年度營利事業課稅所得額為5,000萬元，應納稅額為1,249萬元，當年度雖然並無所得基本稅額條例第7條第1項各款規定之免稅所得，但有依規定應課稅之所得額5,000萬元漏未申報，且已申請適用股東投資抵減稅額789萬元，致一般所得稅額為460萬元(1,249-789)，小於其基本稅額480萬元【(5,000-200)×10%】，甲公司應依所得基本稅額條例規定計算繳納基本稅額與一般所得稅額之差額20萬元。甲公司如僅辦理所得稅結算申報，而未依所得基本稅額條例規定申報及繳納基本稅額，稽徵機關調查發現後，始申請更正調減當年度申報抵減之投資抵減稅額為769萬元，俾使其基本稅額與一般所得稅額均為480萬元而無差額者，因其更正之申請係在調查基準日之後，稽徵機關應予否准，其經核定應補徵之基本稅額20萬元，應依同條例第15條第2項及裁罰倍數參考表規定處罰。
財政部提醒營利事業於選擇申報減除依相關法令規定之投資抵減稅額時，除應依所得基本稅額條例規定計算繳納所得稅外，並應充分考量抵減結果對一般所得稅額與基本稅額之影響，俾使尚未抵減之投資抵減稅額作最有效率之配置，以保障自身之權益。
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