財政部說明，該部前以106年12月26日台財稅字第10604618220號令核釋，營養午餐營業人銷售餐點供學校之學生及教職員工「活動使用」，且該部分銷售額未達使用統一發票銷售額標準者，仍得由稽徵機關查定全部銷售額；如該部分銷售額達使用統一發票銷售額標準，應就其全部銷售額依法開立統一發票。該令釋僅以提供學校之學生及教職員工「活動使用」之餐點為限，致倘有發生非「專營」或非學生及教職員工「活動使用」之情形者，雖該部分銷售額未達使用統一發票銷售額標準，仍應連同專營營養午餐部分併計全部銷售額，倘已達使用統一發票標準，均適用5%稅率並核定使用統一發票。惟衡酌實務上，營養午餐營業人基於產能閒置及商業上考量，偶有提供餐點供學校學生及教職員工以外人員或學校活動範疇外使用情形，爰廢止前開106年令釋，以兼顧實務及配合政府推動營養午餐政策。
財政部舉例說明，營養午餐營業人甲於108年起營養午餐每月銷售額100萬元，並自109年3月起兼營其他貨物或勞務，其營業稅核課方式如下：
情形一：甲兼營其他貨物或勞務部分之每月銷售額10萬元(未達使用統一發票銷售額標準)，稽徵機關就甲該月全部銷售額110萬元，按營業稅稅率1%課徵營業稅。
情形二：甲兼營其他貨物或勞務部分之每月銷售額30萬元(已達使用統一發票銷售額標準)，稽徵機關應核定甲使用統一發票，甲就全部銷售額130萬元開立統一發票，按營業稅稅率5%課徵營業稅。
財政部提醒，營養午餐營業人兼營部分之銷售額倘已達使用統一發票銷售額標準，稽徵機關將核定使用統一發票，營養午餐營業人應就全部銷售額(含營養午餐銷售額)使用統一發票，籲請營業人注意營業情形，以免影響自身權益。
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