為配合商業發票無紙化政策，財政部修訂快遞貨物通關辦法，准許能夠提供發票儲存系統設備，供海關及時查詢及列印發票影像檔的快遞業者，未來將可免再在快遞貨物上黏貼紙本發票。
為避免產生弊端，快遞業者應行黏貼的條碼或標籤，如有不慎漏貼、脫落或毀損等情事，須申請補貼者，海關雖得核准其申請，但要由海關派員監視補貼，並依海關徵收規費規則加徵規費。
財政部表示，快遞貨物通關辦法自84年發布施行後，前後歷經八次修正，此次為配合推動快遞貨物商業發票無紙化，以及廢除營利事業統一發證制度，因應快遞貨物通關實務與管理需要，總計修正四條條文，主要重點包括：
一、快遞貨物依規定，目前須在貨上黏貼發票，此一措施目的在方便關員查核，因此若業者能提供發票儲存系統設備供海關及時查詢，並列印相關發票影像檔，實已符合海關要求，不必再黏貼實體發票，以配合快遞貨物商業發票無紙化政策。
二、鑑於簡易申報僅有C1（免審免驗）及C3（貨物查驗）兩種通關方式，若經核定為C3案件，無須補送書面報單。
三、明定申請登記為快遞業者，應檢具申請書並載明公司名稱、公司統一編號、所在地、負責人姓名、地址、身分證號碼及電話號碼等資料。
四、商業登記法修正廢除營利事業登記證後，海關如欲核對確認快遞業者的資本額、營業項目等資料，可自商工登記資料公示查詢系統查得，因此快遞業者向海關辦理登記時，免再檢具公司登記書及營利事業登記證等文件。
五、生鮮農漁畜產品屬「得機邊驗放貨物」，目前已設有專屬單位提供24小時通關服務，由於快遞貨物通關場所位置分散且無冷藏設備，生鮮農漁畜產品若在通關時因涉及檢疫或補證而無法放行，恐難以保鮮並導致貨物變質損壞，造成業者損失，為求事權統一便於管理，以利通關順暢，明訂生鮮農漁畜產品不得以快遞貨物方式辦理通關。
