配合專營學校營養午餐業者每月銷售額逾20萬元，可免使用發票的新措施，財政部訂定統一處理原則，交由五區國稅局執行，即日起至7月底止訂為輔導期，逾輔導期被查獲漏稅者將開罰。
依據財政部規定，專營學校委託辦理學生營養午餐，且銷售價格受教育主管機關監督或由教育主管機關全額編列預算支應（即免費營養午餐）的營業人，每月查定銷售額超過20萬元，可免使用統一發票。
但因承包各級學校營養午餐業者，與學校簽訂的委託契約，包括各類食材供應方式各異，是否屬營業稅課稅範圍，或應否使用發票，經常出現爭議。財政部為統一稽徵作業，已訂定「營業人承包各級學校營養午餐態樣及處理原則」供稽徵機關執行。
依據財政部所訂營業稅徵免規定，主要包括幾種形態：營業人與學校簽訂團膳採購合約，約定提供每人每餐固定金額的餐食者，應按銷售額全額開立應稅發票或向稅捐機關申請查定營業稅。營業人與學校簽訂食材採購合約，約定由業者設計菜單，再依菜單提供各類食材。代購食材屬生鮮農產品等免稅貨物，可開立免稅發票，非生鮮農產品則開立應稅發票。業者提供營養師設計菜單，並收取設計費部分，需開立應稅發票或申請查定營業稅。
另外營業人與學校簽訂代購食材與製作伙食勞務合約，約定分開代購食材金額及代購食材製作工資。代購食材取得的憑證，符合代收代付規定，憑證買受人載明為學校者，只需就製作工資開立「代工佣金」應稅發票，併同代收轉付憑證交付學校。
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