企業併購後常會衍生商譽價值問題，若要在稅上認列其攤折費用，須注意要提出合理的商譽價值評估資料，若只是提供帳面數字，又提不出可信的資料佐證，國稅局都會剔除補稅，對執行併購的企業而言將面臨重大的稅負損失。
公司依企業併購法進行合併，若採購買法者，得將收購公司收購成本超過可辨認資產的公平價值扣除承擔負債後的淨額，列為商譽，並依所得稅法相關規定列報攤折費用。不論因合併而取得資產或負債，都應按「公平價值」衡量，也就是以「收購日」為基準，或依據獨立專家的估價報告，或參考資產於收購價格分攤期間出售的價格，逐項就有價證券、應收款項、存貨廠房與設備、可辨認無形資產、其他資產、應付帳款與票據、長期負債及其他應付債務等，按我國財務會計準則公報第25號規定分別予以衡量。
南區國稅局查核甲公司93年度營利事業所得稅結算申報案件時發現，甲公司因為與乙公司合併，因此產生併購商譽，並在帳上列報取得商譽的攤折費用。
但南區國稅局審核被收購公司資產負債評價時，發現甲公司僅依被收購公司於合併基準日經會計師查核簽證的財務報表帳面價值作為評價，並未取得可辨認的資產及承擔的負債，就公平價值與收購成本逐項衡量並計算商譽。
南區國稅局認為，甲公司只有援引財務報表的帳面數字，又無法提供取得商譽價值的評估資料，因為甲公司僅提供自行編製合併商譽評估報告，並無獨立專家的估價報告等證明資料，國稅局認為難以認定有出價取得商譽的事實，因此不准甲公司認列商譽攤折費用，並予以補稅。
南區國稅局表示，公司若依採「購買法」進行企業合併，若列報因合併而取得商譽的攤折費用，需有取得商譽價值的評估資料，如取得外部專家所提供的估價報告，才能證明有出價取得商譽的事實及其價值，並合法認列商譽的攤折費用。
