政府為鼓勵公司從事研究與發展，對於公司的研究發展支出，訂有租稅減免獎勵的規定。但若公司從事的研究發展計畫，向各級政府機構請領研究補助，並取得政府補助款，不但要在申報營利事業所得額時列為收入外，還要自申請租稅獎勵的研究發展支出中減除，無法同時享受雙重優惠。
南區國稅局查核轄內A公司96年度營利事業所得稅結算申報案，其中列報研究發展支出1, 200萬元，並申請適用投資抵減。經南區國稅局進一步查核後發現，A公司已經在當年度取得經濟部給付的200萬元補助款，雖然A公司已按規定將補助款列報為其他收入，但該筆補助款並未從其申請投資抵減的研究發展支出中減除，因此南區國稅局依規定剔除該筆補助款，並核定A公司適用投資抵減的研究發展支出為1,000萬元，可抵減稅額為300萬元，A公司因此須補徵稅額60萬元。
南區國稅局表示，依公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法第7條規定，公司適用投資抵減稅額的研究與發展及人才培訓支出，不包括政府補助款在內，且應以稅捐稽徵機關核定數為準。因此，公司參加或配合各級政府機關進行研究計畫，所取得的補助款，並不適用投資抵減。
此外，若公司在研發階段中，有委託國外大專校院或研究機構從事研究發展工作，該項支出必須經中央目的事業主管機關及財政部專案核准，才可以適用投資抵減。
