南區國稅局指出，為了減少審查研發支出投資抵減優惠的爭議，將增加外部專家機制，讓審查更客觀公正。
財政部最近修訂「各地區國稅局處理研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減疑義案件作業要點」，修訂內容主要有三，處理門檻由原定1億元降低至5,000萬元，復查階段案件也可納入處理，並且增加外部專家機制。
其中，增加外部專家機制是最大的改變，有了這項機制，此後具有重大爭議的研發投抵案件，由各國稅局處理小組處理者，不再侷限由稅務人員判斷研發爭議內容，必要時可諮詢具專業背景的學者專家意見，將可使最後決議更具公正性及客觀性。
財政部為建立各區國稅局審核研發人培支出適用投抵的一致性與正確性，減少徵納雙方爭議，96年5月間訂定「各地區國稅局處理研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減疑義案件作業要點」，要求各國稅局成立處理小組，負責處理研發人培支出達1億元以上的爭議案件，這項規定也在近期修訂內容後，處理門檻由1億元降至5,000萬元。
政府為鼓勵公司從事研發，以提升產業競爭力，訂有公司投入的研發支出最少可按30%抵稅的優惠措施，這項措施確實發揮效果，吸引公司紛紛投入研發行列，不過，公司投入是否確屬「研發」範圍，攸關公司得否抵稅的權益，常造成公司與國稅局認定的重大歧異。
該項作業要點實施年餘以來，被反應適用門檻過高，大部分研發投抵案件均無法適用，使政府美意未能落實，此次修正，可讓研發審議更為客觀公正。
