財政部統計，災民自用住宅有抵押貸款者，地基流失導致房屋全毀免徵房屋稅；地價稅部分，如經地方稅捐處在8月31日以前完成勘災，證實土地已滅失，今年的地價稅全免。
南區國稅局對災民受損財產擬分為4級，可以分期繳納：1、財產損失20萬元以下，最長延6個月。2、財產損失20萬到100萬元間，最長延1年。3、財產損失在100萬至500萬元之間，最長分2年。4、財產損失500萬以上，最長分3年繳。不過要等南區國稅局正式對外公告宣布才生效。
八八大水災帶來地方稅與國稅都損失。地方稅的房屋稅、地價稅、土增稅、使用牌照稅受影響最大。98年的房屋稅在明年5月開徵，依天數計算課徵，財政部表示，房屋全毀者，在明年5月開徵的房屋稅全免。等日後重建完成，再重新課稅。
地價稅是用「納稅基準日」計算稅額，8月31日為納稅基準日，需要地方稅捐處派人勘災，在8月31日前證實土地流失且不存在，11月開徵98年地價稅可獲全免。
國稅方面，營業稅、貨物稅、營所稅、綜所稅、菸酒稅，也全面受影響。
9月1日起將開徵營所稅暫繳，財政部表示，新修訂的所得稅法規定，業者如果按照去年盈餘1/2繳稅者，不用申報，如果去年因為受金融風暴影響，全年沒有所得，今年5月免繳營所稅，則9月就可以免申報且免暫繳。如果用今年上半年所得試算所得稅，則9月要申報。
南區國稅局統計，去年9月暫繳共115億元，今年受大水災影響，將減少稅收，目前尚無法估計稅收損失。
南區國稅局目前正研擬，依照財政部賦稅署在6月18日做成的行政命令，納入捐稽徵法26條精神中，因遭天災而有財產重大損失，各稅最長可以延繳3年，將呈報財政部賦稅署核定之後，就可對外宣布。但財政部賦稅署6組表示，所得稅分期繳納，分為4級，還要補加利息，且提供擔保品，所以災民直接用捐稽徵法26條申請最好，不必繳利息，也不用擔保品，「只要地方國稅局自行決定就可以，不用報賦稅署」。
