莫拉克風災重創南台灣，台南地區數百家廠商受創，而且有很多以書審方式報稅的中小企業，機器因水災受創停擺，又無法適用災損五年抵稅補償，面臨嚴重考驗。台南縣府希望爭取依據重建條例，由信保基金提供無擔保的周轉金，在二、三年內無息貸給廠商，幫廠商度過難關。
莫拉克風災造成台南縣幾乎全縣都發生水災，位於仁德鄉的保安工業區、太乙工業區、永康工業區都深受其害，由於淹水嚴重，廠商的設備、庫存、物料損失嚴重，不僅產線停擺，廠商還且面臨周轉的問題。
台南縣長蘇煥智日前在仁德保安工業區舉行莫拉克風災災後廠商復建座談會中表示，對於廠商現金補助或零利率補助事宜，會在一周內彙整廠商意見做成紀錄向中央反應，以確保廠商權益。據縣府經發處統計的結果，目前全縣合法登記的廠商有6,300家，約720家受損，預估災損金額逾10億元。
蘇煥智指出，台南地區廠商受災情況嚴重，將向中央爭取支援，希望依據重建條例，損失嚴重的廠商依據廠房、設備、庫存損失的一定比例，由信保基金提供無擔保的周轉金，在二、三年內無息貸給廠商，幫廠商度過這個難關。
營利事業申報災損，以往廠商災損最高350萬元、分五年抵繳營利事業所得稅，現在新的辦法已修定，不限350萬元，只要有會計師簽證災損逾350萬元也可抵扣，或是受災廠商在三個月內，邀請國稅局人員到場勘災證明一樣可抵稅。
不過這項辦法並不適用以書審申報的廠商，目前適用書面審核制度辦理結算申報的營利事業，多為中小企業，其營業額約在3,000萬元以下。以中小企業為主的書審廠商本身財力有限，因為會計制度問題，受災損失無法抵稅，造成二度損失。因此縣政府與廠商都將全力爭取將書審廠商納入適用災損抵稅的範圍之內。
廠商指出，保安工業區在這次的風災災情很嚴重，生產機具泡在水中達15小時，根本無法再生產。當地民代也建議，這次風災廠商們損失慘重，建議政府在補助方面，採取一半抵免稅金，另一半則是發放現金救助的方式。
