北區國稅局指出，公司若有逃漏稅情形，被稽徵機關查獲後，即使公司提出合法的進項憑證，但若非查獲時已申報的進項憑證，無法主張有留抵稅額可供扣抵，只能等未來日產生的銷項稅額才能扣抵。
北區國稅局指出，我國營業稅制屬於加值型營業稅，也就是針對「銷項稅額」與「進項稅額」的差額課徵，然而因進項稅額扣抵是採申報制，因此營業稅法第51條第3款所稱的「漏稅額」，所應扣減者是營業人自違章行為發生日起，至查獲日（調查基準日）止，經稽徵機關核定的各期累積留抵稅額，也就是必須為已經申報的進項稅額。至於進項稅額部分，納稅義務人於被查獲後，雖提出合法的進項憑證，但若非屬稽徵機關查獲時已申報的進項憑證，難主張有留抵稅額可供扣抵，只能留待日後所產生的銷項稅額扣抵。
北區國稅局發現，轄區一家銷售菸酒的甲公司，在93年間漏報銷售額，經北區國稅局查獲後，除核定補徵營業稅額外，並按所漏稅額處三倍罰鍰。雖然甲公司主張，應從核定的銷項稅額中扣除來自公賣局的進項稅額，並提出行政救濟。但台北高等行政法院判決也駁回甲公司的主張。
北區國稅局提醒營業人，若欲將取得進項憑證所載的進項稅額，扣抵被查獲後所產生的銷項稅額，或主張有加值型及非加值型營業稅法第39條第1項第3款及同法施行細則第33條第1項所定合併、轉讓、解散、廢止營業的情形，申請退還溢付留抵稅款者，必須依照上揭營業稅法第35條第1項規定方式，填具申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。
