南區國稅局呼籲，公司於申報適用營運總部免徵營利事業所得稅時，應注意不可重複扣除分攤費用。南部一家經營門鎖製造的公司，重複列報費用，不僅被補稅775萬餘元，還被處罰一倍的罰鍰。
南區國稅局表示，依照促進產業升級條例第70條之1規定，為鼓勵公司運用全球資源，進行國際營運布局，在中華民國境內設立達一定規模且具重大經濟效益的營運總部，「對國外關係企業提供管理服務或研究開發所得」、「自國外關係企業獲取的權利金所得」、「投資國外關係企業取得之投資收益及處分利益」等所得都可以免徵營利事業所得稅。
企業營運總部租稅獎勵實施辦法第5條規定，營運總部各項免稅所得，相關成本費用應分別辨認歸屬；無法分別辨認歸屬者，應以合理方式分攤。
經營門鎖製造的甲公司申報95年度所得稅結算，申請營運總部免稅所得1.23億元。公司說明，因全球營運布局需要，續在歐美、東南亞及英屬維京群島等地設國外關係企業，營運總部則留在台灣，並在95年度取得經濟部工業局核發符合營運總部營運範圍的證明函。
95年底時，甲公司變更營運計畫，將原持有英屬維京群島乙公司的股權（原始投資成本1.6億餘元），以3.14億元的價格出售給丙公司。
甲公司95年度有包括薪資、租金等無法直接辨認歸屬的費用，於是便採用「收入比」方式，計算其出售乙公司股權應分攤的費用為3,100萬餘元，因此甲公司列報營運總部免稅所得為1.23億餘元（3.14億餘元－原始投資成本1.6億餘元－分攤費用3,100萬餘元）。
稅局發現，甲公司在非營業收入的「出售資產增益」項下，也列報處分乙公司股權利益1.23億餘元。甲公司營業費用已申報其處分乙公司股權費用3,100餘萬元，卻又將這筆應分攤費用在「出售資產增益」項下減列，造成費用重複減列。
南區國稅局最後核定調增甲公司所得3,100萬餘元，甲公司除須補稅775萬餘元外，還需額外負擔一倍的罰鍰。
