行政院會周四（19日）將通過「所得稅法」修正草案，最快明（99）年起，船舶海運所得將可改按噸位稅課稅，取代現行一般營利事業所得稅，噸位稅適用年限長達十年。但選擇適用噸位稅的航運業不得再享有其他租稅優惠，初估政府稅收損失約25億元。
噸位稅對獲利高的大型航商具鉅大減稅利益，估計包括長榮、陽明、萬海、裕民等航商，每年可望省數千萬元稅負。
未來航商在修正案通過二年內，可選擇依現行營收方式選擇所得稅或噸位稅二擇一雙軌並行，一經選定噸位稅航商，必須適用十年。選擇噸位稅的航運業者，不論賺賠每年都需按航舶淨噸位，適用不同推定所得額，繳交噸位稅。
草案規定，噸位稅採累稅額，分四級課徵，稅額與日、韓等施行噸位稅國家相近。其中，1,000噸以下貨輪每百噸每日推定所得額57元，1,001至1萬噸為42元，1萬零1至2.5萬噸為27元，2.5萬噸以上為12元。
草案也訂有噸位稅退場機制，例如不符合國輪比率逐年提高條件者，將喪失噸位稅選擇權，五年內都無法再選用。至於適用噸位稅的條件，財政部官員表示，將在修正草案完成立法後，再邀集相關單位研商。
據了解，初步考慮船舶總噸數達300噸以上的國籍輪可適用噸位稅，但海運業者及其100%持股的子公司，自有國輪船舶的淨噸位總和不得少於20%，第五個會計年度起，經營船舶的國輪比率要提高至40%以上。
交通部反映航運業者意見，認為選擇噸位稅的業者，仍應享有營運總部租稅優惠，但財政部堅持政府稅收損失約25億元，不應再享有其他租稅優惠，且違反國輪回籍政策。最後決定選擇噸位稅的航運業不再享有其他租稅優惠，但繳營所稅者仍可享有四項租稅優惠。
