台北市國稅局鎖定非營利的機關團體，列入營業稅選查案件對象。若有銷售貨物或勞務情形，卻漏開立統一發票並未報繳營業稅者，經查獲將會補稅加罰。
北區國稅局表示，依據加值型及非加值型營業稅法第1條及第8條規定，在中華民國境內銷售貨物或勞務，除稅法另有免稅規定外，均應依法課徵營業稅，營業稅法第2條及第6條第2款也規定，「非以營利為目的之事業、機關、團體、組織，有銷售貨物或勞務者，為營業稅的納稅義務人」。
因此，機關、團體、組織若非以營利為目的，常以為本身並非營利事業，無須繳納營業稅，即使銷售應課徵營業稅的貨物或勞務，卻未申報繳納營業稅的狀況。北區國稅局就曾查獲某財團法人提供勞務取得委辦及服務收入，卻未依規定開立統一發票，造成逃漏營業稅，除核定補徵營業稅額1,200萬餘元外，並處以三倍罰款3,600萬餘元。
目前北區國稅局已針對機關、團體銷售貨物、勞務，有無依規定報繳營業稅的案件進行挑檔作業，並將列為下年度營業稅選查對象，國稅局呼籲各機關、團體、組織應自行檢視收入資料，過去如有銷售勞務或貨物，但未申報繳納營業稅者，應儘速依稅捐稽徵法第4條之1規定，自動向所轄國稅局的分局、稽徵所或服務處辦理補報並補繳所漏稅款，凡屬未經檢舉、未經稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查的案件，即可免予處罰；否則若經查獲，將依營業稅法第51條相關規定，可處一至十倍罰鍰。
