立法院財委會昨（21）日初審通過海運業可自明（99）年起，選擇在一般所得稅或噸位稅之下，繳納海運事業所得稅。噸位稅稅額低，對大航商有利，一經選定十年不得變更，且期間不再享有租稅減免與虧損扣除權利。
根據統計，我國海運業者全年繳納的一般營所稅為50億元，實施噸位稅後，國庫稅收損失將達25億元，但因為施行噸位稅帶動國輪回籍產生的相關如維修、船員所得稅與股利分配等誘發稅收約達27億元。財政部表示，施行噸位稅國庫不僅無稅收損失，還會「小賺」 2億元。
財委會昨天審查由行政院送交審議的所得稅法部分條文修正草案，通過增訂第24條之4 ，正式賦予噸位稅法律地位。依據通過的條文草案，航商未來可以自行評估其未來獲利情況，選擇要不要從一般所得稅改課噸位稅。財政部強調，噸位稅較一般所得稅優勢之處，在於其海運事業收入是按船舶淨噸位的每日所得額推計，稅額較低，對獲利高的大航商有利；噸位稅的缺點則是採推計方式計算海運所得，業者不管賺賠都要繳稅，且不得享有其他租稅優惠，出現虧損年度也不得扣抵噸位稅。
立法院財委會初審通過條文，噸位稅最快明（99）年起實施，距離年底只剩不到十天，需加速完成三讀並送請總統公布，才能順利施行。
財政部強調，噸位稅對獲利高的大型航商具有鉅大減稅利益。依據評估，包括長榮、陽明、萬海、裕民等五大航商降稅明顯，大型航運業者每年可望省下數千萬元稅負。航商繳納的稅捐將只有現行的十分之一。
噸位稅採累進稅率，分四級課徵，稅額與日、韓等施行噸位稅國家相近。其中，1,000噸以下貨輪每百噸的每日所得額按60元計算噸位稅，換算明年起營所稅率降為20%後，1,000 噸以下貨輪的全年噸位稅額只有4萬1,610元，相當現行按一般營所稅繳納稅額的10%。
選擇按噸稅位課稅的航商，需注意噸位稅退場條款，依據通過的條文，例如不符合國輪比率逐年提高等相關條件者，將喪失噸位稅選擇權，且五年內都無法再選用。
交通部則評估，實施噸位稅後，預估可吸引30艘國輪回籍、增加540位船員就業機會。
