財政部指出，99年起營利事業所得稅率已降至20%，營運總部的租稅優惠仍較一般企業多出三項海外所得免稅利多，即使沒有15%的優惠稅率，營運總部從事研究發展、人才培訓，反而將擁有支出的30%抵稅權，有助產業升級。
財政部重申，促進產業升級條例在98年12月31日施行屆滿落日後，全部的租稅獎勵優惠，已改由直接調降企業所得稅率替代。營所稅率自25%降為20%，不分企業大小均可適用，全國70餘萬家企業，可以共享一年高達808億元的降稅利益。
面對產業創新條例草案第30條，有關營運總部增訂15%低稅率優惠的爭議，財政部贊成維持20%的營所稅率。
財政部強調，促產落日後，針對提供企業租稅獎勵的原則，已有共識要以「功能性」獎勵為主，因此包括研究發展、人才培訓等租稅優惠，均仍持續實施。若產創條例增設專為營運總部打造的15%低稅率，將使營運總部未來從事研發、人培等支出，無法享受30%的抵稅優惠，「對國家發展、產業創新未必是福」。
財政部認為，不是只有低稅率才能吸引企業根留台灣，營運總部若適用15%的低稅率，就必須放棄研發、人培的30%投資抵減優惠。
