自由貿易港區設置管理條例修正案在去（98）年7月8日公告實施後，相關租稅優惠的子法即將在3月發布。交通部表示，租稅優惠將回溯自母法公布日期，外國貨主只要自行或者委託自貿港區物流業者，在今年5月報繳營所稅時，檢附申請證明函，即可適用。
自貿港區設置條例公布後，物流業者便殷殷期盼租稅獎勵子法盡快公布。交通部與財政部多次溝通協調之後，決定送給自貿港區轉運中心的外國貨主一個虎年大紅包，除了完全不限制任何營所稅的營業額門檻之外，優惠獎勵甚至也會回溯自母法公布時間。
交通部航政司科長饒智平表示，子法「外國營利事業自行申設或委託自由港區事業從事貨物儲存與簡單加工獎勵辦法」預計在3月初發布，外國貨主可以向各港區的管理機關提出申請符合自行申設或委託自貿港區事業，進行貨物儲存與簡易加工證明函件，在5月申報98年度營所稅時檢附，即可採用優惠稅率。
原本國際物流配銷中心必須全年度總銷售金額達到2億元，才享有優惠稅率，但交通部針對96年進行實際調查發現，當年度來台的國外業主43家中，只有12家擁有這個資格，更有趣的是這12家居然都沒有申請國際物流配銷中心優惠稅率，而超過1千萬元的貨主高達28家，低於1千萬者15家，顯見大多數外商還是先以少量來台測試市場溫度。
交通部認為，既然自貿港區當初改為交通部為主管機關，是希望吸引更多的貨物進港區進行轉運，租稅減免有絕對必要，於是與財政部進行多次溝通之後，決議只要轉運外銷者，不論金額，一律全部免稅，如果轉入內銷者，在總銷售額的10％範圍內亦享有免稅稅率。
至今年1月底，自由港區內共計99家業者，包括高雄港25家、基隆港10家、台北港3家、台中港26家、桃園機場35家，絕大部分多為物流業者。交通部預估，如果排除租稅障礙之後，將可使我自由貿易港區的轉運中心更為成形，在2013年，港區內因為物流業者業務增加下，可創造出淨效益稅收約為1.73億元，對全國貢獻25億元的產值。
