國民黨立委丁守中擬再提案修改產創條例第29條，營運總部業者可以選擇適用營所稅16.5％，放棄其他租稅優惠。財政部表示，差別稅率將引發骨牌效應，最後全國都會降稅，所以絕不可行。
財政部長李述德表示，現在其他部會提出的政策往往是降稅，似乎除了降稅之外，就缺乏其他具體的措施，造成財政部的壓力非常大。
而事實上，企業經營的成本還有土地、人事、機器設備等，租稅只占其中很低的比例，李述德說，他曾估算，一般而言，租稅占企業的經營成本不會超過2.5％。假設，某一企業的營收100元，獲利10元，毛利10％已算非常好，乘上稅率20％，營所稅為2元，占2％。
財政部次長張盛和表示，幾年前，遠雄集團最早提出，要求自由貿易港區的營所稅降至15％，後來加工出口區業者也提出相同的方案，所以一旦產創條例的營運總部業者可以選擇放棄其他租稅優惠而適用較低的稅率，則其他經濟特區的業者一定會跟著提出要求比照辦理。再接著，全國企業都會要求降稅，所以絕不可以有「差別稅率」。
從以前到現在，財政部的立場只提二個方案，最早的方案是全國單一稅率17.5％，租稅優惠全面落日。但經濟部認為，政府發展產業需要有租稅工具，幾經協商後，財政部同意產創條例草案保留2項投資抵減、2項免稅，共4項的租稅獎勵，其餘適用稅率20％。
