南區國稅局查獲，轄內廠商給付員工薪資所得，未依規定扣取稅款，這家廠商負責人A君在國稅局發函責令其補繳應扣未扣稅款及補報扣繳憑單前，自動補繳稅款並補報憑單。但國稅局仍依所得稅法第114條第1款規定，按其應扣未扣稅款處一倍罰鍰。
補繳仍被罰款的廠商不服，主張國稅局函請公司提示年度扣繳資料，屬例行性的瞭解，不應作為進行調查的依據，而且也在國稅局發函責令補報補繳前，即已自動補報繳，應免予處罰。此案經復查、訴願均遭駁回，提起行政訴訟後，經高雄高等行政法院仍判決A君敗訴。
高雄高等行政法院判決認為，稽徵機關辦理扣繳檢查，意在及時掌握扣繳義務人給付合於扣繳規定，在檢查資料中，可查得具體證據，而不須另再調閱其他資料即可認定違章事實者，符合稅捐稽徵法第48條之1所稱「稽徵機關或財政部指定之調查人員進行調查」的要件。
因此國稅局發函通知該公司提示年度扣繳資料，就是國稅局對公司所報員工薪資有所疑問，而展開調查程序的調查基準日，扣繳義務人A君於國稅局發動調查後始補繳稅款，與稅捐稽徵法第48 條之1規定之免罰要件不符，國稅局按應扣未扣稅款裁處一倍罰鍰。
南區國稅局強調，扣繳義務人於給付所得時，應確實依規定扣繳稅款並辦理申報，若不慎漏未扣繳，也應於稽徵機關開始調查前儘速補報補繳，才能適用稅捐稽徵法第48條之1自動補報補繳免予處罰規定。
