新市鄉陳小姐詢問：本公司承包工程，因工程進度落後，依工程合約規定被罰的罰款，可否自應收工程款項內扣除，而以差額開立統一發票給出包人？
南區國稅局新化稽徵所答覆：依財政部函規定，作業承包工程其開立統一發票報繳營業稅的時限，應依工程合約所載每期應收價款時開立。又出包人依工程合約對承包人所為之罰款，並不影響承包人應依前項規定時限開立統一發票及報繳營業稅之時限。公司承包工程，因故逾期完工，被處之罰款與應依限開立發票係屬二事，不得以工程尾款抵付逾期罰款，而免除開立發票與報繳稅款之義務。該所進一步說明，承包人如有因違約而被處罰款，該罰款雖由原應收工程款中抵付，致實收工程款較合約價款為少，但承包人開立統一發票之金額，仍應依合約所載之每期工程款開立，而非以扣除罰款後之金額開立，承包人若逕以差額開立統一發票，將造成短漏開發票及逃漏營業稅之情事，呼籲營業人當謹慎，以免遭補稅及處罰。
