逃漏營業稅，小心得不償失。財政部規定，計算營業人短漏報銷售額的漏稅額，所應扣減的進項稅額，僅限稽徵機關查獲時營業人已申報的金額。
財政部指出，營業人因被查獲漏稅，再提出的進項稅額，將喪失扣抵其漏報銷項稅額的權利，即無法扣除減稅。
稅捐機關針對漏稅企業不得再主張扣除漏報銷售額連帶產生的進項稅額做法，亦獲得高等行政法院判決支持。
南部有一企業在97年2月間銷售貨物，因逾規定期限未申報銷售額及統一發票明細表，亦未按應納稅額繳納營業稅，經國稅局查獲，除追繳營業稅外，同時處一倍漏稅罰。
甲企業不服，主張依「查得之資料」核定應補徵的應納稅額為漏稅額，自應包括查得的銷項資料及進項資料，核算漏稅額時，應扣除進項稅額等理由提起行政救濟，但遭高等行政法院判決敗訴。
高等行政法院判決理由指出，營業稅原則上採加值型課徵方式，即就銷項稅額與進項稅額的差額課稅。
舉例來說，銷售貨物產生的銷項稅額如為5元，因銷售貨物所需的進貨原料或半成品等進項稅額為3元時，企業應納營業稅額即為2元（5元減3元）。
營業稅法第35條第1項則規定，營業人除本法另有規定外，不論有無銷售額，應以每二月為一期，在次期開始15日內填具規定格式申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件、向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅稅額。
高等法院判決認為，基於是否有應扣抵的進項稅額，納稅義務人應負協力義務，也就是說納稅義務人進項稅額得扣抵銷項稅額的權利，係由納稅義務人負舉證責任，在計算營業稅法第51條漏稅額時，准予扣減的進項稅額，限於稽徵機關查獲時已申報的進項稅額為準。因此判決業者敗訴。
財政部提醒營業人，有應申報的進、銷項憑證，應按期向國稅局申報，否則在被查獲有漏稅額後，將無法再扣減未申報的進項稅額。
