台北市國稅局表示，公司依規定發行員工認股權證，員工以低於市價的認購價格取得股票，取得股票日當天標的股票時價，超過認股價格差額部分，屬於其他所得，應於取得時課徵所得稅。
依所得稅法第14條第2項規定，各類所得如為實物、有價證券或外國貨幣，應以取得時政府規定之價格或認可之兌換率折算之；未經政府規定者，以當地時價計算。
北市國稅局指出，員工取得庫藏股當天日為基礎，作為課徵其他所得依據，但企業在實際交付股票日免予扣繳稅款，不過，依同法第89條第3項規定，依限列單申報國稅局並填發免扣繳憑單。
若其國外子公司、分公司或辦事處員工，取得並執行我國境內公司發行的員工認股權，員工於公司發給認股權日至得請求履約之始日的期間內，未在我國境內提供勞務，則無我國境內來源所得課稅問題，因此不須課稅。
不過，上述規定不包括在大陸的子企業，北市國稅局強調，由臺灣地區以外的子公司，於當地聘雇，而未在臺灣地區提供勞務的員工認購者，若該員工係大陸地區子公司的員工，且為臺灣地區之人民者，依臺灣地區與大陸地區人民關係條例第24條第1項規定，依法應課徵所得稅。
該局進一步指出，證券交易稅係對出賣有價證券之行為，按交易成交價格課稅，與上開行為係以所得課稅，兩者並不相同，因此無重複課稅問題。
