進口業者銷售在國內享有免稅的進口貨物，未事先申請放棄免稅即開立應稅發票，原本需被補稅處罰，財政部已訂定放棄免稅事後申請輔導期至9月30 日止，如需放棄免稅者，輔導期內申請獲准即可免罰，但一經申請放棄免稅，三年內不得再改變。
國稅局已查獲有部分營業人在進口貨物時，由海關代徵5%營業稅，但進口貨物銷售到國內時，依法該進口貨物可享有免徵營業稅優惠（如農產品等），進口商若未依規定申請放棄免稅，即開立應稅統一發票給國內買方，且持進口時海關代徵的營業稅申報扣抵銷項稅額，及退還溢付營業稅，就會被補徵營業稅並處罰鍰。
由於這種進口時未免稅，但轉銷至國內享有免稅的貨品，常常造成營業人困擾，並因不諳稅法規定，未申請放棄免稅，導致形成溢扣稅款的補稅案件，讓徵納雙方均感困擾，財政部基於愛心辦稅原則，已經同意訂定輔導期供業者調整補稅免罰。
依規定在9月30日前，銷售免稅貨物或勞務的進口商，雖未申請核准放棄適用免稅，如其一開始銷售免稅貨物及勞務，即開立應稅發票並以應稅銷售額申報營業稅，且沒有藉應稅、免稅交互開立發票規避稅賦者，只要補填放棄免稅申請書及「營業人申請放棄適用免稅規定銷售額分析表」，即可自開始銷售免稅貨物或勞務申報應稅銷售額當期適用放棄免稅。
財政部提醒符合申請條件的業者，把握在9月30日前補辦申請放棄免稅。經審核符合資格者，即可獲准適用放棄免稅；輔導期限後（自99年10月1日起）才向稅捐機關申請放棄免稅者，均需依營業稅法第8條第2項規定辦理，違規開立應稅發票部分亦需處罰。
營業稅法第8條第2項規定，銷售營業稅法第8條第1項規定如農產品、稻米或麵粉、農業用藥等免稅貨物或勞務的營業人，擬放棄適用免稅，須先向財政部申請核准。
