許多營業人明明銷售免稅貨物或勞務，卻未經申請自行開立應稅的統一發票給買受人，此舉已違反稅法規定。目前五區國稅局正在輔導中，只要在今（99）年9月30日前，補申請核准放棄適用免稅規定，即可回溯適用。
台北市國稅局表示，營業人銷售免稅貨物或勞務，未經申請核准，即放棄適用免稅規定，並逕自開立應稅統一發票交付買受人，並申報應稅銷售額者，須在99年9月30日之前，向所轄稽徵機關申請核准放棄適用免稅規定，以符稅法規定。
根據「營業人銷售加值型及非加值型營業稅法」第8條第1項規定的各款貨物或勞務，可以免徵營業稅。但是銷售免稅貨物或勞務的營業人，在進貨或支付費用所支付的進項稅額，不得扣抵銷項。營業人在銷貨時，應開立免稅統一發票給買受人，買受人則因未支付進項稅額，不得申報扣抵銷項稅額。
但由於進項稅額免徵營業稅，導致銷項稅額也不能抵，就買賣雙方而言，一旦適用稅法的免稅規定，未必有利。因此，「營業人銷售加值型及非加值型營業稅法」第8條第2項規定，銷售免稅貨物或勞務的營業人，得申請財政部核准，放棄適用免稅規定，改按同法第4章第1節規定計算營業稅額，但核准後，三年內不得申請變更。
台北市國稅局近期查核營業稅案件時，常發現有銷售免稅貨物或者勞務的營業人，未經申請核准，即自行放棄適用免稅規定，直接開立應稅統一發票交付買受人，並申報應稅銷售額，造成徵納雙方爭議不休。
為化解相關爭議，各地區國稅局目前正在輔導銷售免稅勞務或貨物的營業人，於99年9月30日前，依規定申請放棄適用免稅，只要經國稅局查核未有假藉應稅、免稅交互開立發票逃漏稅者，將核准其自開始銷售免稅貨物或勞務申報應稅銷售額當期，適用放棄免稅規定，也就是可追溯適用。
