國內公益、慈善等機關捐贈海外慈善機構的捐款，若不屬於重大天災、事變等國際人道救援需要，即日起均要扣繳20%所得稅。100年起，若未依規定扣繳稅款的慈善機關等團體，都會被依違反扣繳義務開罰。
財政部強調，國內慈善機構捐贈給國內慈善團體雖然不用扣繳，但受贈機關需要列單申報，不符合免稅要件的慈善機構，即需就受贈捐款繳稅。國內慈善機構捐款海外依法也要扣繳，但過去因無明確扣繳規定，導致適用不一，財政部因此重新解釋。
財政部表示，所得稅法第11條第4項規定的教育、文化、公益、慈善機關或團體對外國機關團體，或非中華民國境內居住之個人的捐贈，海外受贈人取得的捐贈，均屬所得稅法第8條第11款規定在中華民國境內取得的其他收益，應依法課徵所得稅。
財政部說，衡酌國內機關團體對國際間發生重大天災、事變的捐贈，例如南亞海嘯、四川地震，均是為扶助災民重建生活秩序所為的人道救援活動，對受贈人而言，受贈款項是為支應其重建生活秩序所需，並不發生所得問題，這類由海外受贈人取得國內機關團體經主管機關核准進行的國際人道救（捐）助款項，可以免納所得稅。
財政部規定，國內機關團體捐贈外國機關團體除符合免稅者外，受贈的外國機關團體應依所得稅法規定課徵所得稅。
