台肥昨（1）日表示，由於國稅局認為其轉投資海外公司所繳納的境外所得稅額，不得扣抵國內營利事業所得稅，將造成台肥須補繳94年至98年的扣抵稅額，估計將減少99年度期初保留盈餘約20.33億元。
台肥指出，目前國稅局核定本公司97年度以及94年度都須補繳稅款，補繳金額各為5.28億元、0.36億元，另外若依照國稅局的認定原則，95年、96年以及98年度也應補繳，總稅款約14.68億元，其中各年度補繳稅款分別為2.57億元、3.12億元以及8.99億元。
台肥表示，經會計師、律師等深入評估後認為，係因沙烏地國家的所得稅法，與我國所得稅法第3條在適用上出現疑慮，公司於95年以專函詢問稅捐主管機關並請求解釋清楚，主管機關95年2月6日回覆本公司函釋時，卻未明確指出此投資海外子公司的境外所得稅不可扣抵，並且本公司申報94年度營利事業所得稅時也予以核定，所以一直沿用相同扣抵方法申報所得稅，直至稅捐主管機關審核97年度營利事業所得稅時，才認定不可扣抵。
台肥指出，對稅捐主管機關核定仍存有疑慮，將依法提出行政救濟，但為尊重稅捐主管機關，並使未來財報免於不確定性，同時兼顧財報充分揭露保護投資人權益，經審慎評估後，決定重編95年度至99年上半年度各期財務報告（含合併報告）。正確重編金額，將待會計師查核後一併公告申報。
