財政部高雄市國稅局表示：產業創新條例第10條第2項授權訂定之「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」已於99年11月8日發布，施行日期配合「產業創新條例」追溯至99年1月1日。惟申請程序及審查機制與過去促進產業升級條例規定已有不同。
該局指出，公司99年度營利事業所得稅結算申報如欲適用產業創新條例第10條研究發展支出投資抵減租稅優惠，應特別注意有下列預審程序：
1、應於辦理當年度結算申報期間開始前3個月起至截止日後1個月內（以會計年度採曆年制之公司為例，99年度申請期限為100年2月1日至6月30日止），檢具有關文件向中央目的事業主管機關申請研究發展事實之認定，如逾期則無研究發展投資抵減之適用。
2、公司如有「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」第4條第1項第3款專用技術、第4款及第6條第1項第2款、第4項規定之支出，應於費用發生當年度或首次分攤支出之年度（曆年制之99年度案件為99年12月31日前）向中央目的事業主管機關提出專案認定申請，經核准者，自費用發生年度或首次分攤支出之年度起適用；逾費用發生年度或首次分攤支出之年度始提出專案認定申請，經核准者，其尚未攤折或分攤之支出自申請之年度起適用。
該局說明，公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，除須先辦理上述預審程序向中央目的事業主管機關申請認定研究發展事實外，並應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時（曆年制之99年度案件為100年5月1日至5月31日止），依規定格式填報，並檢附有關文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額；填報之資料如有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正，其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。
該局特別提醒，公司毋須等待中央目的事業主管機關核認結果，仍應於所得稅法規定結算申報期限內（歷年制99年度案件為100年5月間）向稅捐稽徵機關完成研發支出投資抵減申報程序，逾期申報者稅捐稽徵機關得不予受理。公司如於完成營利事業所得稅結算申報後，中央目的事業主管機關始核認其研發活動無研究發展事實者，稅捐稽徵機關會依據中央目的事業主管機關審核結果核定投資抵減稅額，公司亦毋須向稅捐稽徵機關辦理更正申報。【＃029】
新聞稿提供單位：岡山稽徵所 職稱：股長 姓名：王起鳳
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