財政部指出，在二次「江陳會」兩岸簽署互免海空運事業所得稅協定生效前，大陸航商在台灣的貨運收入，若無法攤計成本、費用，可採推計課稅，按其在台承運的客貨收入10%為所得額，按25%稅率繳稅。
財政部強調，大陸已經免除台灣航商在大陸地區承運客貨收入的所得稅，但台灣需待修訂兩岸人民關係條例，才能正式免除大陸航商在台客貨收入所得稅捐。
第二次「江陳會談」去（97）年11月4日簽署空運直航、海運直航、郵政合作及食品安全等四項協議，兩岸並在同年12月15日正式啟動海空運直航。
財政部指出，兩岸直航後互免海空運事業所得稅，仍應取得正式的法律授權位階。因此在兩岸人民關係條例未完成修法前，大陸地區空運業者或海運業者倘有自台灣地區承運客貨的營業收入，仍屬台灣地區來源所得，應依台灣地區與大陸地區人民關係條例第25條規定課徵所得稅。
