台北市國稅局已將二聯式統一發票漏報銷售額列為選案查核重點，光是近兩個月就查獲189起逃漏營業稅案件，補稅加罰款金額近5,000萬元。
台北市國稅局主秘簡俊彥指出，台北市國稅局從今年8月1日起，對使用收銀機開立二聯式統一發票的店家加強查核，若發現平均申報單筆發票金額比率偏低，以及作廢發票比率偏高的業者，即列為漏報營業稅額的重點查核對象。使用收銀機開立二聯式統一發票的公司行號，應依法開立統一發票並按期如實申報銷售額，以避免受罰。
台北市國稅局在為期兩個月的查核期間，共查獲違章189 件，補稅額1,357萬餘元，罰鍰3,524萬餘元。另外還有47件自動補報補繳案件，稅額513萬餘元，因屬自動補報，不另加罰。
某銷售西點麵包食品的知名店家，生意非常興隆，但96年7月至96年12月營業稅各期申報的二聯式統一發票銷售額，卻僅有300萬餘元至600萬餘元不等，引起國稅局追查，果然發現實際已開立的二聯式統一發票銷售額為1,000萬元至1,500萬元，卻未按實申報營業稅，半年間短漏報銷售額合計2,200萬餘元，除應補營業稅額100萬餘元，並加處罰鍰。該公司經國稅局查獲後，主動重新計算95年9月至96年6月、及97年1月至97年月各期二聯式統一發票銷售額，已自動補報銷售額合計為6,000萬餘元，並補繳稅額300萬餘元。國稅局基於輔導業者的立場，只補稅並未加罰。
