國稅局近期將針對科學工業園區管理局所收受管理費，補徵營業稅，不過科學工業園區管理局認為管理費可視為政府規費，應該免於營業稅，因此國稅局目前請財政部解釋，一旦財政部解釋函說明應課稅，科學工業園區管理局恐要補繳至少7億元稅金。
政府所屬單位若從事銷售勞務等行為，是否要繳納營業稅，向來都是稅務單位與政府附屬單位爭論不下之處，財政部台灣省北區國稅局表示，主要是因為政府所屬單位可以免徵營所稅，但是由於它經費來源不是透過政府預算編列，由於最後賺取的也不會繳回國庫，加上有銷售行為，因此要課徵營業稅。
國稅局近期就會針對「陳年老案」科學工業園區管理局收取管理費，要求補徵營業稅，官員表示，雖然科學工業園區管理局有部分經費是仰賴國科會編列預算，但是該局依據園區內企業規模大小，來收取管理費，其管理費並不是繳回國庫，而是作為自身營運之用，因此認定要補繳營業稅，不過科學工業園區管理局則是認為，此管理費視為政府的規費，本應不須繳納營業稅，但是此說法並未讓當時的財政部採納，所以發出解釋函要求科學工業園區管理局補繳稅金。然而政治勢力介入此案後，也讓問題至今都沒有解決。
由於問題癥結點依舊存在，國稅局近日再度針對此案要求財政部解釋，官員說，如果財政部態度不變，科學工業園區管理局至少要補繳7億元稅金，考量7億元是天大數字，將會以輔導繳稅替代處罰，並限期補繳；反觀，若財政部態度180度大改變改以不課稅，官員無奈說，上級命令下級遵照辦理。
