聯發科申請91、92年度第二次五年免稅優惠，在核准前碰上獎勵辦法修正，財政部卻沒有決定依照「從新從優」原則適用新辦法，導致聯發科被補稅逾17.1億元，台北高等行政法院最近判決聯發科勝訴，聯發科不但可望退稅，最高還可拿回13.7億元稅款。
合議庭強調，財政部在核准聯發科的免稅申請前，新獎勵辦法已經出爐，但財政部卻沒有對聯發科適用有利的新法；也就是說，所有相同困擾的園區業者，都可望透過該法律見解來平反。
該爭議源於行政院在90年2月頒布的「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」，行政院在同年底又增訂第5條第3款規定，讓適用五年免稅技術服務業者的免稅範圍納入「自行銷售經核准投資完成設計所產製產品之所得」，對從事高階積體電路設計的聯發科來說十分有利。
聯發科早在90年9月就採用舊辦法向工業局申請「符合新興重要策略性產業」核准函獲准，財政部91年7月受理聯發科申請案時，也比照用舊辦法核發；因此北區國稅局審查聯發科91、92年營所稅申報時，將免稅產品營業收入全部剔除，要求補稅17.1億元，讓聯發科不滿，提起行政救濟。
合議庭認為，根據促產條例規定，申請免稅的公司，應先向工業局申請核准，再向竹科管理局申請完成證明，最後再跟財政部申請第二次五年免稅，三個流程缺一不可；由於財部受理申請案時新辦法已經出爐，且對聯發科有利，但財政部卻沒有採納，明顯違反「從新從優」原則，應重新處分。
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