申請「高新技術企業」多為中資企業。資誠會計師事務所稅務暨法律服務部營運長吳德豐分析：「外商不去申請，是因為精算後覺得未必划算。」
申請「高新技術企業」企業所得稅率可從25%降至15%，普華永道會計師事務所深圳所移轉訂價服務總監龔梅表示，全中國現在有1.8萬多家企業拿到高新技術的認證，其中只有3,000多家是外商，大部分都還是中資企業。
吳德豐說，如果台商大陸廠的功能只有純代工，只要留3%的利潤率，適用一般稅率25%，實質稅負也不過0.75%；雖然高新技術企業稅率降到15%，但稅局認可的利潤率可能近10%，申請高新技術企業反而會讓稅負倍增到1.5%。
而且拿到認證並不全然保證就能享受15%的優惠稅率。龔梅表示，現在經濟不景氣，在大陸宏觀調整的策略下，高新技術企業的門檻放寬，但大陸稅局還是會審核研發費用支出與研發人員有沒有達到規定。
有很多企業認為，拿到高新技術企業認證沒什麼不好，甚至在競爭對手壓力或地方官員的「盛情難卻」下，明明不符合資格還變成高新技術企業。吳德豐提醒台商更應警覺的是，現在大陸把查稅的重心擺在移轉訂價，如果身為高新企業，將會影響大陸子公司在移轉訂價中所扮演的功能和風險。
