許多外商來台洽談投資並了解台灣稅務制度時，往往對於我國統一發票制度感到驚訝，畢竟國際上採用統一發票制度的國家並不多。其他國家的發票（Invoice）往往是由公司自行印製及自行控管，故稅捐稽徵作業上是偏向依賴企業自行控管及誠實申報。台灣的統一發票則是屬較嚴謹控管及監督的制度，雖然可以強化稅收，但也會相對帶來某部分的不方便。對於企業來說，更應特別小心法令規定，以免遭遇稅務風險。
常見問題之一就是如何因應統一發票遺失問題。公司有時會因為搬家過程不慎而遺失統一發票、有時會因往返國外總公司開會並將隨行攜帶的原始憑證遺失、有時也許只是忘記放置何處等。事件發生後，外商公司通常都會詢問為何不能用國外的方式處理。國外的處理方式也只須依銀行收支資料重新整理，並依自行重建資料申報營業稅即可。在台灣則必須依狀況類別不同，採不同的因應措施。因此非常有趣的是在服務外商時，除須解釋法規規定外，也要說明為何台灣會有不同法規背景以讓外商信服。在此就法規與實務上有關發票遺失應如何處理的相關程序，提出供參考。
（一），遺失空白未使用統一發票之情形：
依據統一發票使用辦法第23條第1項規定，如果公司遺失的發票，是空白且未使用的統一發票時，公司發現後應即敘明遺失原因及遺失的統一發票種類、字軌號碼等，向主管稽徵機關申報核銷，以免遭受不法人士盜用遺失發票，導致公司因虛開發票而遭稽徵機關罰款。
（二），遺失已開立統一發票的存根聯，但有買受人蓋章證明的原收執聯影本：
依據統一發票使用辦法第23條第2項規定，如果可以取得買受人蓋章證明的原收執聯影本，即得以該收執聯影本代替存根聯來保存。
（三），遺失已開立統一發票存根聯，但無證明文件：
若不記得買受人名稱，以致無法正確申報當期銷售額與稅額，除須至稅捐機徵機關填寫遺失統一發票專用承諾書外，在次期申報營業稅時，也必須先依帳載資料預估營業金額申報。若有低報而被查出異常者，會被依加值型及非加值型營業稅法第51條第3款處以罰款。
另外屬於遺失已開立的統一發票存根聯、且無其他相當證明者，會被依稅捐稽徵法第44條規定，就其未保存憑證按經查明認定金額，處5%罰鍰。
由以上說明可知，公司如有遺失統一發票的情形，最重要的是儘快洽詢專家並以法律所容許的程序儘快完成處理應處理的事項。若須以估列數申報營業額，專家也可就估計數的高低及對所得稅的影響給予建議。當然所有的事後補救事項皆不是最佳良藥，最重要的還是建置事前預防機制。公司平常若能建立妥善保管發票機制，並儘可能不要常將憑證正本帶到國外，同時在開立發票時，最好也隨時準備一份開立發票明細表，詳加記載已開立的發票日期、發票字軌、發票金額、營業稅額、買受人統一編號等資料，並將已開立發票存根影印或掃描於電腦存檔，則能避免狀況發生時，難以善後而遭處罰鍰。
