大陸稅務機關對轉讓定價（移轉定價）的查核態度及方法近來備受重視，本文將再詳加介紹如下：
儘管大陸對轉讓定價查核規定最為完備、最有系統的2號文法案直至今年初才正式頒布，但大陸各級稅務機關對轉讓定價的查核，早在1998年轉讓定價59號文頒佈後即已開始。十餘年中，稅務機關查核力量不斷擴大、查核團隊專業素養不斷提高（愈來愈多查核官員被派駐國外稅務機關，或國際知名會計師事務所接受專業培訓），查核環境也日趨嚴峻。國稅總局高層官員在多個場合提到：各地稅務機關執行轉讓定價查核時，不但需要關注查核案件數量，更要關注查核深度及最終調整結果。
2號文第五章包含17個條文，詳細說明大陸轉讓定價查核規定及受控交易不合常規時的調整方式。其要點可歸納如下：
一、利潤是否合理：稅務機關一般對與關聯企業間交易金額高及數量多、賺取利潤不及同業，甚至發生虧損情形的企業特別敏感，會將其列為查核目標。
二、主動合規要求：配合2號文對「同期資料準備」義務的規定，以及企業所得稅法新法反復提及的「商業實質交易安排」概念，稅務機關可將不依法準備同期資料，或與免稅天堂關聯企業交易的企業直接列為查核目標。
三、合同加工（即代工）業務發生虧損為不合常規：受查企業中有極多為替海外關聯企業進行合同代工業務的工廠。針對這類企業，稅務機關態度非常明確，也就是代工廠須賺取合理利潤，不得因開工不足，市場不濟，決策失誤等理由產生虧損。
四、查核觸角延伸至無形資產交易型態：隨查核經驗日趨豐富，查核官員已不拘泥於進銷貨交易查核，而將更多關注投向諸如特許權、商標費等無形資產交易、及服務類型交易的查核。
就查核方法而言，稅務機關沿用多年的選定查核目標（正式立案）、索取相關資訊、正式查核（包括現場調查）、協商討論調整方案、結案、後續跟蹤管理的基本模式，應不會有太大變化。
值得注意的是，2號文的頒布意味查核官員所用的具體步驟及受查企業所需提供資料，有統一標準可循。就資料索取為例，一般稅務機關會要求受查企業提供以下項目：
一、同期文檔資料：即使關聯交易金額未達法定準備同期資料義務門檻，稅務機關仍有可能要求企業提供資料，以便瞭解轉讓定價實質。
二、 功能風險分析表：為一份涵蓋上百條問題的表單，受查企業需說明其於關聯交易中執行的功能和承擔的風險等細節狀況。
三、 財務分析表：要求受查企業將利潤以「國內、國外，關聯業務及非關聯業務」區分為四塊，以便得知企業自關聯企業賺取的利潤是否低於其自非關聯企業賺取的利潤。
大陸稅務機關於移轉訂價查核時，傾向使用「交易淨利潤法」（可比較利潤法），測試受查企業的年度關聯交易淨利潤率，若該率明顯偏低，一般會將企業淨利潤率依可比較對象淨利潤率進行調整；若企業自非關聯企業賺取的利潤明顯高於其自關聯企業賺取的利潤，稅務機關也可參照其自非關聯企業交易賺取的利潤，調整關聯企業利潤。
