企業帳上溢繳的營業稅額，除可留抵欠繳的營業稅外，財政部進一步放寬，讓企業可將留抵稅額，用來扣抵因欠稅產生的各項滯納罰鍰。
不過，財政部提醒企業，帳上留供抵扣欠稅的溢繳營業稅額，一旦全數用來扣抵欠繳本稅及罰鍰，以致沒有留抵稅額「備用」，萬一日後被稅捐機關查獲漏稅，將因無留抵稅額可抵，反而形成漏稅被罰。
因此，財政部提供了選擇機制，也就是企業在接獲稅捐機關將其留抵稅額扣抵欠繳本稅與罰款的通知後，要求稅捐機關回復留抵稅額，不要用來充抵欠稅罰款。
財政部舉例，A企業帳上留抵的溢繳營業稅額共計100萬元，因逾繳納期限形成的欠稅有80萬元，滯納金等計20萬元，過去稅捐機關只准A企業將其100萬元的留抵稅額，扣抵80萬元本稅，20萬元罰款不能抵稅。但即日起，20萬元的滯納罰鍰，也可自企業帳上的留抵稅額充抵。企業若不同意稅捐機關以留抵稅額扣抵20萬元罰款，可要求稅捐機關回復。
財政部解釋，針對營業人積欠已逾限繳日期，且未依法申請復查的營業稅滯納金、滯報金、怠報金、利息及罰鍰，稽徵機關得就營業人帳上溢付稅額，與前開積欠稅款辦理抵繳。
但為了確保營業人權益，財政部也規定稅捐機關應將抵繳情形通知營業人。營業人可在抵繳通知函合法送達後30天內，或抵繳通知函未合法送達前，向稽徵機關申請取消扣抵欠稅，稽徵機關受理後，應更正回復其溢付稅額。
