本局表示，依加值型及非加值型營業稅法（以下簡稱營業稅法）第29條規定各級政府機關得免辦營業登記，主要係考量政府機關僅偶有銷售貨物或勞務，為稽徵簡便，爰明定得免辦營業登記。但如該等機關有銷售貨物或勞務之情形，仍應依規定繳納營業稅，尚無免除其繳稅義務。
本局說明，邇來迭有政府機關銷售貨物或勞務，因漏未繳納營業稅遭受處罰情事。舉例而言，某國立大學將經管之國有房地，委外經營、使用並收取租金，未依規定繳納營業稅，經國稅局查獲後，除依法按銷售金額補徵營業稅外，並處以罰鍰。
本局進一步說明，在中華民國境內銷售貨物或勞務，均應依法辦理營業登記繳納營業稅。各級政府機關依法雖得免辦營業登記，但如有銷售貨物或勞務，仍屬營業稅法所稱之營業人，自應依規定繳納營業稅。是該國立大學將其經管之國有房地委外經營或出租，並收取租金，應於收款時填具「機關團體銷售貨物或勞務申報銷售額與營業稅額繳款書」，以第4、5兩聯代替銷售憑證送交買受人作為記帳及進項稅額扣抵憑證，並於銷售之次月15日前，持憑第1、2、3各聯向公庫或代收稅款處繳納營業稅。
本局特別提醒，政府機關如有將其經管之國有房地委外經營或出租，與一般營業人銷售貨物或勞務之行為並無不同，應按期繳納營業稅，以免受罰。
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