立法院財委員昨初審通過立委賴士葆提案的稅捐稽徵法新增訂第12條之1，稅捐稽徵機關認定實質課稅原則課稅，應以實質經濟事實關係及所生之實質經濟利益為依據，且稅捐稽徵機關要負責舉證責任，納稅義務人負「協力」義務的責任不能免除。會計師表示，可以改善長期以來實質課稅原則被濫用的爭議。由於「舉證責任之所在，敗訴之所在」，「舉證責任」為昨天審查會的焦點。賴士葆版本，完全由稅捐稽徵機關負舉證責任，而財政部長李述德要求加入，對納稅義務人有利部分，由納稅義務人負舉證責任。
立委紛紛反對，立委羅淑蕾表示現行都是對稽徵機關有利時，稽徵機關就以實質課稅原則課稅，對稽徵機關不利時就不用實質課稅原則，造成「課稅所得」與「實質所得」不相等現象。司法院也為弱勢納稅義務人講話，行政訴訟及懲戒廳調辦事法官洪慕芳表示，據法律學者見解，不能假實質課稅原則，擴大稽徵機關課稅之實，唯有法律形式安排被納稅義務人濫用，影響租稅公平例外發生時，稽徵機關才能依實質課稅原則課稅。
於是賴士葆等人否定財政部要求納稅義務人舉證責任，但保留「納稅義務人負協力義務的責任不能免除」的法律文字。
昨天新增定的稅捐稽徵法新增訂第12條之1，主要是依據大法官第420號釋字解釋文，放在稅捐稽徵法上，做為實質課稅的要件。至於何謂如何判斷「實質經濟」，並沒有仔細規定，立委賴士葆表示，將來再請財政部召開公聽會，討論經濟事實等相關的細節。
資誠會計師郭宗銘表示，以83年黃任中的案件，為實質課稅的最典型案件，黃任中所投資的投資公司持有遠航股票，遠航很賺錢，有很高的保留盈餘，要分配股利之前，該家投資公司把股票轉賣給一家新成立的投資公司，轉投資收益免稅，所以就把數十億元的股利所得，轉成證券交易所得，免繳所得稅，主要是為了避稅的目的，所以被國稅局依實質課稅原則補稅加重罰。
現行稅法中，唯有所得稅法第66條之8有實質課稅原則的規定，其他稅法都沒有規定，爭議很高。如今明訂在稅法的母法─稅捐稽徵法中，以後就有課稅的基礎，是好事。以後當納稅義務人主張，形式的安排是有合理的商業目的，則稅局要舉證，這是虛偽不實的安排，才能課稅。
