公司因合併而消滅且免辦清算（公司法第24條），其權利義務依法由存續公司概括承受（公司法第319條準用同法第75條），是課稅實務上行之多年的作法，係傾向以消滅公司原帳列財務會計與所得稅法令間存有的差異（例如未實現費用或損失、財稅採用不同耐用年限的固定資產等）均由存續公司概括承受，並由存續公司以此財稅差異基礎下辦理未來年度的營利事業所得稅申報。
舉例而言，假設消滅公司以往年度固定資產的折舊費用，於原財務會計採較短使用年限計算，但辦理營利事業所得稅結算申報時已依稅法規定較長的耐用年數調整減列，則合併後存續公司於受讓資產繼續使用期間，得依稅法相關規定增加列報折舊費用。稅捐機關於實務上通常並未對此實務作法提出質疑反對。
按所得稅法第65條規定，公司合併時資產的估價係以時價或實際成交的價格為準，財政部97年1月4日台財稅第09604558950號函釋（「97年1月4日函釋」）援用會計準則第25號公報，揭示合併存續公司取得消滅公司之「固定資產」應依公平價值入帳，以與所得稅法第65條之處理一致。
後財政部97年1月4日函釋，雖因合併消滅公司需認列所得課稅與企業併購法第39條立法旨意不符，經財政部97年10月17日台財稅第09704552910號函廢止，然公司合併時取得消滅公司的資產估價處理，如回歸所得稅法第65條規定，則仍應採公平市價入帳。在此情況下，存續公司依法應按消滅公司資產的公平價值為稅務申報的基礎，則前揭由存續公司按消滅公司資產的稅務帳面價值入帳的多年實務，是否仍被稅捐機關接受，值得觀察。
雖分割與合併相同，分割承受公司將概括承受被分割公司分割部門的權利義務（公司法第319條準用同法第75條），然依財政部96年10月31日台財稅第09604546420號函規定，公司分割（兼指水平分割及垂直分割）時，被分割公司帳列負債中未實現費用或損失屬於該分割部分者，可一併轉讓於受讓公司。
綜合觀察現行財政部關於合併及分割之函釋，推測稅捐機關應是傾向援引財務會計處理原則，視合併為實質交易，故在會計處理採購買法情況下，所有資產均應於合併時按公平市價重新估價，原消滅公司的財稅差異，自然因此失所附麗而無以移轉給存續公司；另一方面，財政部視分割為企業內組織調整而非實質交易，在會計處理採所有資產均採原帳面價值移轉情況下，原財稅差異自然併同移轉給分割承受公司。
財政部96年10月3日台財稅第09604545320號函釋，特別規定母公司將一部門垂直分割予100%持有之子公司時，分割讓與的資產屬於長期股權投資有價證券者，按分割時帳面價值（包括採權益法認列的投資收益）減除原始取得成本計算所得課稅。
為何財政部特別就長期股權投資作此例外規定，甚難理解。筆者同意財稅差異的處理可基於合併與分割的本質不同，而有不同稅務處理，但不宜再就不同資產的財稅差異再作不同稅務處理，以免失其一致，引發適用及解釋上的爭議。
