大陸海西特區吸引不少台商與金融機構搶進，台灣這端也緊鑼密鼓研議經貿營運特區。根據經濟部規劃，未來兩岸將先以特區對特區形式往來進行產業分工，特區內關稅互免。經濟部長尹啟銘本周將親自召開跨單位會議，討論兩岸特區對特區具體合作內容。
去年9月，尹啟銘提出成立經貿營運特區的構想，經濟部提出區內企業可有條件享有15％營所稅，及外勞配額提高至40％等優惠規劃，且於今年3月，正式向行政院長劉兆玄簡報具體架構時，因財政部與勞委會等其他部會持反對意見下，劉揆要求經濟部重新召開座談會聽取各界意見，重擬草案。
鑒於大陸國務院正式宣布海西經濟特區成立，並且做為對台政策先行試點後，經濟部認為，應盡速推動經貿營運特區，將來可與如海西經濟特區等大陸特區合作，包括產業分工、人員的自由進出、關稅互免及貨物便捷化等。尹啟銘指示經濟部加工出口區盡快擬定未來兩岸特區合作的具體方案，並要求於本周進行報告。
經濟部高層官員指出，經貿營運特區將作為兩岸綜合性經濟合作協議（ECFA）施行前的先行試點，從經貿特區試行再擴及全台，降低產業衝擊。同時有利於台商進行兩岸布局，尤其有些在大陸撤廠的台商，有意轉往越南與柬埔寨，該特區可吸引其回台。
經貿營運特區吸引對象除包括特區對特區廠商、大陸台商、大陸企業、回台設營運總部海外台商外；由於有些外商表達進入設廠興趣濃厚，經濟部也將開放給來台設營運總部跨國企業加入。
加工出口區管理處近期密集召開座談會，邀集產官學進行討論，不論是業者或學者，對於經貿營運特區的成立表支持。
經濟部官員指出，專家學者認同經貿營運特區必須具備國際水平，政府提供的租稅與勞動力等誘因都必須能與新加坡、香港、韓國，甚至是大陸等投資環境競爭。
至於經濟部先前研議完成的優惠條件，經濟部維持原議，將再請經建會召開跨部會協議，爭取相關部會的同意。經濟部爭取經貿營運特區優惠條件包括特區內符合一定資格條件企業享營所稅15％，條件包括符合創造就業人數及投資金額等門檻；特區內進口機器設備免關稅；區內外勞與基本工資脫勾，外勞聘僱配額比例提高至40％；兩岸特區合作將享受互免關稅優惠等。
