財政部臺北國稅局表示，公司組織之營利事業，如取得非實際交易對象出具之憑證或短漏報所得額情節輕微者，財政部另以函釋放寬所得稅法第39條盈虧互抵之適用標準，免視為會計帳冊簿據不完備。
該局進一步說明，公司組織之進貨、費用及損失，如取得非實際交易對象出具之憑證，除能提示交易相關文件及支付款項資料證明其有實際交易之事實，經稽徵機關查明屬實，且未以詐術或其他不正當方法逃漏所得稅者，視為情節輕微外，尚須符合下列規定，始得免按會計帳冊簿據不完備認定，得依所得稅法第39條規定適用以前年度虧損扣除：
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其已誠實入帳，且於稽徵機關發現前由會計師簽證揭露或自行於申報書揭露。
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其不符合前款規定，經稽徵機關查得應自交易相對人取得憑證而未取得，但當年度進貨、費用及損失，依帳簿憑證相關法令規定應自交易相對人取得憑證而未取得之總金額不超過新臺幣（下同）120萬元，或占同年度進貨、費用及損失依帳簿憑證相關法令規定應自交易相對人取得憑證（含應取得而未取得憑證部分）總金額之比例不超過10%。
該局另外說明，如公司經查獲短漏所得稅稅額不超過10萬元，或短漏報課稅所得額占全年所得額之比例不超過5%，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微，仍准適用前10年虧損扣除之規定，倘已依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報，其短漏報情節輕微之適用標準，可依前項金額或比例加倍計算。
該局特別提醒，公司應避免取得非實際交易對象出具之憑證或短漏報所得，以免被國稅局認定為會計帳冊簿據不完備，而無法適用所得稅法第39條有關盈虧互抵的規定，嚴重影響租稅權益。
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