企業因合併消滅，消滅公司股東如屬境外法人，如能向稅捐機關舉證其原始出資金額大於後來拿回的股本，證明沒有所得，財政部同意比照一般個人股東，申請退還溢扣的股利所得稅款。
財政部指出，由於外國法人股東適用股利就源扣繳所得稅，不像國內股東可以認列損失，的確會有溢扣所得稅的情形。新的規定，可以避免這種情況發生。
舉例來說，因合併而消滅的境外法人股東依法算出的出資額為10元，因消滅獲配的股利為20元，獲配股利減除出資額後，境外法人股東有10元的股利所得要扣繳所得稅。但依據新規定，若境外法人能夠舉證其實際出資額為25元，已超過獲配股利20元者，就可以舉證向稅捐機關申請退還已被按10元股利所得扣繳的所得稅。
財政部指出，公司依法進行合併時，如以「現金」為對價進行合併者，依93年9月函釋規定，消滅公司股東獲配現金超過全體股東出資額部分的金額，應視為股東的股利所得（投資收益）課徵所得稅。
如是以「股份」為對價者，財政部97年也明令，其合併基準日在98年1月1日以後者，消滅公司股東獲配自消滅公司所取得合併對價超過全體股東出資額部分，也應視為股利所得課徵所得稅。
財政部也准許消滅公司的個人股東，可主張依個別辨認法提示經收回註銷股份的取得成本證明文件，以獲配現金或股份價值（時價或實際成交價）超過該股份取得成本金額為股東的股利所得。
財政部指出，國外法人股東在我國境內有固定營業場所或營業代理人者，與國內營利事業相同，若其投資成本高於出資額時，可依營利事業所得稅查核準則第99條規定，在結算申報時核實認定其投資損失。
至於在我國境內無固定營業場所及營業代理人的境外法人股東，因無須向我國辦理結算申報，以致不能認列投資損失。因此若獲配現金或股份時，其收回註銷股份的實際取得成本高於出資額，也應比照個人股東得重行計算股利所得，較為公平。
財政部因此規定，在中華民國境內無固定營業場所及營業代理人的境外法人股東，如主張其經收回註銷股份的取得成本高於出資額者，可委託我國境內居住之個人或有固定營業場所的營利事業為代理人，向稽徵機關申請依先進先出法核實認定註銷股份的取得成本，申請退還溢繳的扣繳稅款。
