財政部臺北國稅局表示，若納稅義務人在同一課稅年度之不同期間發生房屋租金支出及購屋借款利息，原依所得稅法第17條第1項第2款第2目之5及同目之6規定，僅可擇一扣除，不可重複申報，惟若分別符合購屋自住及租屋自住事實，且費用期間不重複之前提下，得按其費用支出期間占全年比例分別計算扣除限額。
該局說明，依所得稅法規定，納稅義務人申報購屋借款利息列舉扣除額，需以減除該申報戶儲蓄投資特別扣除額後之淨額申報，每戶申報上限30萬元；另房屋租金支出部分若供自住非供營業使用者，每戶申報上限12萬元。從量能課稅原則及立法目的解釋，以此項稅捐優惠減輕納稅人因購買自用住宅向金融機構借款支付利息之負擔，以鼓勵一般國民購屋自用，達到住者有其屋，並減少投機客投資房產致房市價格不穩。而租金支出係基於社會公平，對無力購屋而需租屋者，減輕其稅捐負擔。若納稅義務人同一年度同時發生租屋自住及購屋自住之事實，在符合立法目的解釋及規定下，可按其費用支出期間占全年比例分別計算扣除限額。
該局舉例說明，假設甲君105年度有儲蓄投資特別扣除額10,000元，查得105年1月1日至6月30日(182天)有租金支出72,000元，由於超過上限扣除額59,672元(120,000*182/366)，故得扣除租金支出59,672元。又當年度尚有申報購屋借款利息支出240,000元，實際查得繳息期間為105年1月1日至12月31日，在費用期間不得重複規定下，依繳息天數184天(105年7月1日至12月31日)計算利息支出減除儲蓄投資特別扣除額後可扣除金額為110,655元(240,000*184/366-10,000)，未超過購屋借款利息扣除額之上限150,819元(300,000*184/366)，故得扣除購屋借款利息110,655元。
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