財政部臺北國稅局表示，生技醫藥公司依據生技醫藥產業發展條例規定，投資於生產製造所使用之全新機械、設備或系統，於111年1月1日起至120年12月31日止，其支出金額在同一課稅年度內合計達新臺幣(下同)1千萬元以上、10億元以下之範圍內，於支出金額5%限度內，自有應納營利事業所得稅之年度起，抵減當年度應納營利事業所得稅額，或於支出金額3%限度內，自有應納營利事業所得稅之年度起，3年內抵減各年度應納營利事業所得稅額，且一經擇定不得變更，其各年度投資抵減金額以不超過當年度應納營利事業所得稅額30%為限。另如同一課稅年度有合併適用其他投資抵減，其合計得抵減總額以不超過當年度應納營利事業所得稅額50%為限，但最後年度抵減金額，則不受限制。
該局進一步說明，生技醫藥公司申請適用投資抵減，應於辦理投資當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前4個月起至申報期間截止日內，登錄經濟部所建置之申辦系統，依格式填報，並上傳生技醫藥公司審定函、具一定效益之投資計畫及申請適用投資抵減之支出項目有關之證明文件。此外，考量生技醫藥公司適用前開投資抵減，係至有應納營利事業所得稅之年度始擇定抵減方式，為便於有應納營利事業所得稅年度計算及核定抵減稅額，生技醫藥公司自投資年度起至抵減年度止，於辦理各該年度營利事業所得稅結算申報時，均應依規定格式填報，並應於辦理投資當年度營利事業所得稅結算申報時，檢附統一發票、進口報單、相關契約書、付款及交貨等規定之文件，送請所在地稽徵機關先核定其得適用投資抵減之支出金額，以利有應納營利事業所得稅之年度起，就得適用投資抵減之支出金額擇定抵減方式及計算可抵減稅額，並按投資年度順序，依序抵減。
該局舉例說明，A生技醫藥公司分別於111及112年度投資生產製造所使用之全新機械1,000萬元及1,500萬元，其111至113年度營利事業所得稅結算申報無應納稅額，至114年度始有應納稅額200萬元、115年度則有應納稅額90萬元，故A生技醫藥公司111至115年度辦理營利事業所得稅結算時之申報情形如下：
| 年度 (採曆年制) |
111 | 112 | 113 | 114 | 115 |
| 新增投資支出 |
1,000萬元 |
1,500萬元 | 0 | 0 | 0 |
| 應納稅額 | 0 | 0 | 0 |
200萬元 |
90萬元 |
| 擇定抵減率 | X | X | X |
111年度5% 112年度3% |
X |
| 各年度申報可抵減稅額 | 0 | 0 | 0 |
111年度50萬元 112年度45萬元 |
112年度45萬元 |
| 以前年度累計已抵減稅額 | 0 | 0 | 0 | 0 |
112年度10萬元 |
| 各年度尚未抵減而於當年度抵減之稅額 | 0 | 0 | 0 |
111年度50萬元 112年度10萬元 (當年度抵減限額=應納稅額200萬元×30%=60萬元) |
112年度27萬元 (當年度抵減限額=應納稅額90萬元×30%=27萬元) |
| 尚未抵減留抵稅額 | 0 | 0 | 0 |
112年度35萬元 |
112年度8萬元 |
| 辦理結算申報 |
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依規定格式填報111及112年度投資抵減支出金額。 |
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依規定格式填報112年度投資抵減支出金額、投資抵減稅額及投資抵減餘額。 |
該局呼籲，生技醫藥公司如欲適用投資機械設備或系統之投資抵減者，應注意相關時程及作業規定，以免影響適用租稅優惠之權益。
【聯絡人：營所稅組蔡股長；電話：(02)2311-3711分機：1284】
